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Nell'ambito del riordino delle attribuzioni della Presidenza del Consiglio dei Ministri e dei Ministeri (operato con il Decreto Legge 18 maggio 2006 n. 181, poi convertito in Legge dalla L 233/2006), il Decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri del 5 luglio 2006 definisce in dettaglio le competenze del Ministero delle Infrastrutture (programmazione, finanziamento, realizzazione e gestione delle reti infrastrutturali di interesse nazionale) e quelle del Ministero dei Trasporti (Piano generale dei trasporti e della logistica, monitoraggio, controllo e vigilanza in materia di sicurezza dei trasporti e della mobilità), gli Uffici di diretta collaborazione, la struttura organizzativa.